Странный формат истории zsh...

А у меня все в порядке, в истории пишется все как надо.

Я думаю, это что-то у тебя в конфиге не то... Попробуй переименовать ~/.zshrc или(и) /etc/zshrc во что-нибудь другое, и попробовать, как работает zsh "без конфига".

Мой конфиг zsh:
autoload -U compinit
compinit
alias...
alias...
...

Странно. zsh или дистрибутива (какой тогда дистр), или из исходиов?
Глюк был изначально, или ты что-то подломал?
Ты просмотрел, попробовал заменить /etc/z*, ~/.z* ???