Винт один, а линукса два)

Будет. Только LILO/GRUB надо настроить соответственно.

а можно подробней?.. в чём особенность?

image= /boot/kernel-2.6.5_fb
        root = /dev/hdcX
        label = kernel-2.6.5_fb
        read-only
image= /boot/kernel-2.6.5_bt
        root = /dev/hdcY
        label = kernel-2.6.5_bt
        read-only
где X Y - соответствующие разделы, только ядра в этом случае должны лежать в одном разделе,