Об удалении программ

Надежно и удобно - никак.

Если остался Makefile - то make uninstall.

Если нет, то можно посмотреть по времени модификации. Считать все файлы созданные в минутном (к примеру) промежутке принадлежащими к одному пакету.

Если в дистрибутиве нет встроенных средств (emerge unmerge в генту), то ищи в гугле checkinstall

make install > /var/log/setup/programma-0.0.0