ну.. часто в том же Makefile которым ты инсталлировал есть цель uninstall.
А я вообще-то даже когда из исходников компилирую, то собираю пакет для пакетного менеджера и инсталлирую через него. Либо под /opt некоторые инсталлируют.
ну.. ну если есть цель uninstall, то просто make uninstall Если нет, то просто смотри Makefile и смотри куда что он устанавливал.
Или как пакеты делать -- ну у меня pkgutils стоит, rpm'ы делать мороки чуть больше наверно. RTFM блин.. Когда инсталлируешь то не забывай что можно destination директорию изменять..
Конкретнее вопросы задавай. Если я или кто что-то могут сказать, то ответят.