Ну так нету его, все в гконф переехало, потому и меняют через gconftool-2. Кстати, не совсем понятно, что под темой имеется ввиду. Бекграунд и тема гтк меняются через gnome-appearance-properties пользователя gdm, и вроде как и все, больше там ничего не меняется.
Не слушать безруких балбесов
найти файлик в /etc/ (в debian /etc/gdm3/greeter.gconf-defaults
с содержимым подобным этому:
# Use a specific background
/desktop/gnome/background/picture_filename /usr/share/images/desktop-base/moreblue-orbit-gdm.svg
/desktop/gnome/background/picture_options stretched
# Some other possible options
#/apps/gdm/simple-greeter/banner_message_enable true
#/apps/gdm/simple-greeter/banner_message_text Welcome
#/apps/gdm/simple-greeter/disable_restart_buttons false
#/apps/gdm/simple-greeter/disable_user_list false
# The lower panel doesn't work with the compositor
/apps/metacity/general/compositing_manager false
----------
комментарии к этому файлу как бы уже лишние...