Проблема в том, что GDM использует дефолтную тему. Для изменения настроек GDM нужно сначала ввести рутовый пароль. С этим проблем нет. Но, тема выбирается прямо из окна логина без всяких прав. В меню настроек ничего на этот счет нет. Соответственно я меняю тему, перезапускаю gdm и там снова старая дефолтная тема. Ниже привожу конфиг GDM.