Программа оптимизированная под 3 пень, нормально и на 4 будет работать. Вот токо как ты узнал что именно некоторые проги собираются под 3 пень? Насколько я понимаю, под какой проц оптимизировано у тебя ядро, то под этот проц и будут оптимизированы собираемые тобой программы.
Дело в том, что некоторые программы (mozilla, xfree, openoffice) очень чувствительны к флагам оптимизации. При этом в ebuild`ах флаги меняются на менее жесткие, например на тот же п3, или вообще на i686. Если из ебилдов инфу о флагах вырезать, то не факт, что эти программы вообще соберутся.