В глисте полно всякого говна, типа восстановления системы, индексации, дефрагментации (по расписанию) и т.д. И все это и много че еще постоянно терзает жосский. А в линуксе ничего такого нет, пока ты сам не поставишь. Но в этом случае ты будешь точно знать, что именно шерстит твой винт.
Это только часть проблемы. Там все пронизано кодом, который шелестит винтом. К примеру, есть служба ЕМНИП Suprefetch. Она постоянно в ходе работы оси анализирует часто используемые проги и кэширует их в память. Я думаю, это тоже не все...