от gui это не зависит. Надо редактировать файл конфигурации Х. В большинстве случаев он хранится в /etc/X11/XF86Config(-4). Установить протокол который поддерживает колесико (в секции InputDevice изменить, при необходимости протокол на Option "Protocol" "MouseManPlusPS/2" или, лучше, на Option "Protocol" "IMPS/2", потому что первый драйвер содержит ошибки). Если используются только три кнопки и колесико, добавляете в эту же секцию строчку ZAxisMapping "4 5". В Х нажимаете ctrl-alt-backsp чтобы перезагрузить xfree. Колесико начинает работать. Если не начинает, значит Вы уже добавили строчки вроде Options "Buttons" "сколько-нибудь", чтобы использовать дополнительные кнопки на мыши. В таком случае пишите -- поможем.