Qt коммерческое использование

Не думаю. Вы же будите извлекать прибыль из всего продукта, а не только из закрытой его части.

> Если в проекте будут использоваться закрытые либы для реализации функционала и открытая морда, будет ли законным использование Qt opensource?

Нет, ибо GPL.

> Предполагаемая прибыль 2-3 000$, соответственно покупать коммерческую версию Qt не логично.

Вполне логично. У Троллей... простите, Нокии - хорошие скидки для малых организаций. Получите пожизненную возможность пользоваться Qt в других коммерческих проектах. Правда после года поддержка прекратится, но кого это с обратной совместимостью волнует. Тем более что обновление стоит копейки.

Я думаю будет