Pkg-Config

В configure скриптах обычно используется - находит инклуды и .so для определенной библиотеки. Типа pkg-config --libs glib-2.0

А если у меня прога установлина, но не прописана в pkg-config, то как мне ее туда прописать, а то ./configure ругается?

посмотри на содержимое /usr/lib/pkgconfig и создай свой foobar.pc для пакета по аналогии с существующими

Ну свой *.pc писать - это уж черезчур хардкорно. Скорей всего, если ты четко знаешь, что нужная либа у тебя стоит (и версия та самая или больше чем та, что сonfigure требует) - то проверь в какой каталог эта библиотека скинула свои *.pc файлы. pkg-config смотрит переменную PKG_CONFIG_PATH, если она пуста, то лезет по умолчанию в /usr/lib/pkgconfig (обычно). Так что если нужный *.pc лежит в другом месте, то фиг configure его найдет.