xft pango pkg-config

xft-config не относится к pkg-config.
pkg-config читает файлы кажется из <prefix>/lib/pkgconfig
так вот в твоем случае в /usr/X11R6/lib/pkgconfig должен лежать
файл xft.pc или что-то в этом роде и в PKG_CONFIG_PATH (помоему
такая переменная) должен быть путь к /usr/X11R6/lib/pkgconfig

если его там нет можно взять за основу любой который там есть
и отредактить его соответствующим образом или взять его из 
архива .tar.gz|bz2 где скачать написано в доках к pango.

я тоже компилил и xft и freetype и pango и atk и glib и gtk+
ужас. freetype компилился но make install выдавал
что не может найти что-то типа GetBDFProperty или что-то там
уже не помню, но pango скомпилилось с backend-ом xft и freetype.