mouseconfig

Проверь, запускается ли у тебя gpm (можно, например, ps aux, а чтоб узнать грузится ли он при старте системы - посмотри загрузочные скрипты (etc/rc.d/init.d), или проще - команда ntsysv (это в RH-based Linux, не знаю, есть ли в других дистрибутивах )), ну и правильно ли указан тип мыши у gpm`a.