Как узнать, с какими параметрами собиралась программа?

сделать apt-get source имя_пакета и посмотреть внутренности не судьба?

(: судьба, сейчас проверю...

ИМХО, лучше pkg-config --cflags <имя программы>

Но в общем случае .pc - файла разработчик мог и не включить, тогда действительно придётся ковырять скрипт сборки

s/разработчик/сопровождающий/

если это полноценный пакет - то смотри спеки к нему, если отдельный бинарник - нет