а как лучше заходить в систему? как рут или юзер?комп только в моем пользовании.

работать лучше как последний юзер а администрить конечно root

Если не хочешь засорить систему (и соответственно переставлять каждый месяц) Все что можно юзеру - делай юзером. Также очень не рекомендую рутом ходить в инет (особенно IRC). Некоторые проги очень необоснованно хотят чтобы их рут ставил - таким обычно хватает './configure --prefix=/home/user/local'

Кверху каком :)