логичность

что конкретно распихано по разному? Конечно разные люди пытаются поддержать логичность. Но иногда одни знают и учитывают слишком много и поэтому со стороны может показаться что они делают что-то криво и не так, другие наоборот могут не знать чего-то, получается действительно криво.

/etc/* и немножко /usr/etc/* -- глобальные конфиги разных программ. ~/.* -- локальные конфиги юзера

http://www.pathname.com/fhs/