>В /etc, /usr/share остаются конфиги и плагины всяких программ
Только если ты их модифицировал или если программа создавала их сама.
В первом случае можно тупо всё грохнуть перед удалением программы по
qlist <имя_пакета>|xargs rm
qlist <имя_пакета>|sort -r|xargs rmdir
но это чревато. Если одним файлом пользуется более одной программы -
он будет грохнут
Во втором случа решения прямого нет. Ибо деятельность программы
пакетного менеджера не касается.
Можно поставить findcruft и просто находить в каталогах /etc, /usr и
т.п. "ничейные" файлы.
emerge -C удаляет все что было добавлено при установке пакета и ничего больше (еще CONFIG_PROTECT не удаляет). Собственно любой пакетный менеджер делает точно так же.
ЗЫ еще можно почитать про webapps, там несколько другая система, т.к. они ставятся не в /var/www