Про LVM и структуру каталогов

можно и так и так. В случае, когда все на LVM, надо будет использовать загрузчик lilo, если хочется grub, то /boot вынести за пределы LVM

Да я к GRUB-e больше привыкший. Так он /boot на стандартном разделе требует?

Да, так как grub не знает что такое lvm. У lilo немного другой принцип загрузки ядра.

Я обычно устанавливаю /boot и / вне LVM (это позволяет обеспечить сравнительно безгеморройную загрузку до получения шелла, если что случится), а всякие opt/var/home/usr можно уже и в LVM закинуть.