Каким образом прописать в .xinitrc программу, что-бы она загружалась при загрузке оконного менеджера ?

А ты посмотри на .xinitrc в твоём дистрибутиве и сделай по образцу. Делов-то. А ещё лучше почитай man xinit, там тоже всё понятно.

прописать ее до вызова менеджера -

coolicon&

icewm

только обязательно вставить &, иначе запустится именно эта программа, а не оконный менеджер :-)