В 64-х битных линуксах используются 32-х и 64-х битные глибц.
В принципе, что мешает разместить либцы в разных каталогах? Проблема только в том, чтобы данная конкретная прога была слинкована с данной конкретной либой жестким путем.
Почитай в общем, Google -> LFS, там тулчейн так строится - достаточно прописать в specs новый динамический линкер и все свежесобранные бинарники начнут глядеть в новую ветку без каких либо проблем.