Выполнение команды после закрытия программы

Модифицируй переменную Exec файла *.desktop:

dencrypt_command;run_program;encrypt_command

Или напиши скрипт-обертку и пропиши ее в Exec.

Или, возможно, тебе больше подойдет решение с ecryptfs: https://ostechnix.com/how-to-encrypt-directories-with-ecryptfs-in-linux/

Да, тоже уже до скрипта додумался, спасибо. Не стоило создавать топик)

Можно не зашифровывать-расшифровывать, а работать непосредственно с шифрованными каталогами. Есть даже кроссплатформенное решение, VeraCrypt (наследник TrueCrypt). Можно в одном скрипте монтировать файл с шифрованным томом, вызывать нужную программу, по выходе — размонтировать.

Можешь использовать trap, раз уж bash добавил в теги.