Либо тебе компилячить ядро с поддержкой LVM или MD (multiple devices support) с последующим чтением man'ов по организации Software RAID массива... В таком случае, ты должен осознавать, что если "летит" любой винт из блока, то, скорее всего, ты потеряешь ВСЮ информацию (в особенности, если сделаешь RAID-0). И принять соответствующие меры типа ежедневного increment backup...
А вот другой вариант: что тебе, собственно, мешает один из каталогов сделать симлинком на 2-й винт??? SAMBA прекрасно умеет ходить по симлинкам и для виндового юзверя это соверщенно прозрачно. Главное, чтобы права доступа были розданы правильно.