hardlink директорий

можно только если оба файла находятся на одном и том же разделе

можно и на разных
mount --bind a b

hardlink директорий запрещен законом :-)
Иначе дерево каталогов может превратиться в граф.

Кстати, если очень хочется...

Берем файл исходники-ябра/fs/namei.c

ищем функцию

int vfs_link(struct dentry *old_dentry, struct inode *dir, struct dentry *new_dentry)

ищем в ней строки

if (S_ISDIR(old_dentry->d_inode->i_mode)) return -EPERM;

и удаляем их

Hardlink'и для каталогов теперь работают :)