Запуск более 2-ух копий AutoCAD

переходишь в каталог с автокадом и:

wine autocad.exe

Если не получится, то создай другой префикс (man wineprefix) и установи туда дополнительную копию автокада, и пускай с него дополнительную копию.

В далеком 2003, когда я последний раз работал с эти го#ном, в настройках была функция «Разрешать запуск более одной копии AutoCAD» (ну или что-то похожее). Через ваню надо запускать с префиксом.