Одна и та же команда работает, если запустить вручную и не работает, если запустить по крону

А в stderr что-то пишет? /usr/bin/python3 /root/vpn_v.py 2> /root/log.err

ща проверю

Может от разных пользователей скрипт запускается? у одного есть права на его исполнения, у другого нету.

пока все под рутом

Переменные окружения для демонов часто не выставлены, и в результате для запускаемых ими скриптов.

Поясни? Вроде пускаю как /usr/bin/python3, а не просто python3
Если не выставлены, как все разом выставить?

Типа как здесь?

http://funix.ru/programs_utilities/ispolzovanie-cron-i-crontab.html

Может у тебя в скрипте где-то эти переменные используются

В лог тоже ничего не пишется

Так модифицируйте скрипт, чтобы писалось. Для начала также стоит добавить 2>&1 в строку вызова cron.

Поясни? Вроде пускаю как /usr/bin/python3, а не просто python3

У тебя внутри делается popen для nohup без указания пути. Сделай

echo $PATH

Выстави пользователя в крон записи. Ну рут например.

я думаю тут дело в interactive and non-interactive shell. почитай про это.

Скрипт на питоне. Подключает несколько VPN.

Такое лучше запускать из systemd. Инструмент выбран неверно. А так, как уже посоветовали лог файл, и запуск например каждую минуту, на время пока ты разбираешь, чего ему не хватает.
Также я взглянул на скрипт, и скрипт тоже не нужен, достаточно положить несколь конфигов для соединений в /etc/openvpn, главное не забудь про nobind.

Помогло указание PATH

Скрипт нужен. Он не просто ВПН запускает, а запускает их 5 случайных штук из 200+. Плюс там --route-noexec и добавление ip rule и ip route. Далее там еще перезапуск 3proxy, который сконфигурирован ходить случайным образом через 1 из этих ВПН, т.е. каждое соединение через него идет через случайный интерфейс

Я в Raspberry Pi не просто скриптом, а ещё и через screen запускаю:
https://github.com/Novator/RPiTeReg/blob/master/rpitereg.rc.sh

чтобы потом можно было подключаться в сеанс и глядеть, что прога пишет.