когда грасноглазые софтописатели наконец-то прекратят уродовать софт пищалками и перделками, а займутся следованиями стандартам - тогда так и будет. :) и ~/.config - всего лишь частный случай следования XDG Base Directory Specification, конкретно - $XDG_CONFIG_HOME туда по умолчанию показывает. подробнее - http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/latest/ и http://lists.freedesktop.org/mailman/listinfo/xdg