Как работает pacman с его зеркалами?

Как, как, просто идет по списку по очереди. Если зеркало недоступно переходит к следующему и т.д.

Вот я даю ему команду, что он там делает дальше?

Зависит от команды.

Какого хрена обновление mirrorlist приходит отдельным файлом, в котором все зеркала закомментированы?

Чтобы ты сам выбрал какое зеркало тебе нужно.

Почему частенько куча зеркал при установке пакета отвечают 404?

Потому что
-y, --refresh download fresh package databases from the server
То есть, чтобы не было такого, что ты запрашиваешь пакет, который уже обновился и не вываливалось 404 нужно вводить -Syu

И да, зашел бы ты на вики, там всё это есть.

Спасибо.