Какой командой скомпеленная программа устанавливается в опрееленную директорию.

Это делается еще на этапе configure
Запусти прогамму configure с ключем --help
И найди комманду которая отвечает за destinition directory
Но некоторые программы (обычно не GNU) требует редактирования переменных Makefile.

Да, зачастую программа устанавливается не в один какой-то каталог, а в несколько. К примеру программа ставится в /usr/local/bin
Документация в /usr/local/doc
и т.д.
в таком случае у configure есть параметр для каждой директории.

Вообще то я криво объяснил, но идея такая.

Если память мне не изменяет, параметр называется --prefix
и отвечает за каталог, относительно которого будут ставиться все модули программы.

Типа:
./configure --prefix=~/test
в последствии установит все относительно лиректории test в твоем домашнем каталоге.

Извините, но вы немного гоните :-))) Если человек решил сделать пакадж, то после конфигуре --префикс=... она потом работаь не будет. Надо делать ./configure --префикс=/usr , апотом что-то вроде make install --prefix (куда надо), что-то типа того и всё такое, но зачем ??? Правильные программки могут делать и make uninstall так что пакадж делать можно и не делать :-))) И в левые места проги ставить тоже не следует ... файловую систему Юникс и Линукс конкретно придумывали нетупые люди. Вобщем я в этой затее не вижу смысла кроме как свои пакеты делать ...

Warmonger> "Вобщем я в этой затее не вижу смысла кроме как свои пакеты делать .."

Для любителей самых-самых-самых последних версий смысл есть, дабы не затирать 
предыдущую.
Или я не прав? ;-)