Можно ли заставить emerge не очищать /var/tmp/portage/atom при ошибках сборки?

Оно ж все равно компиляцию начнет сначала. По крайней мере если повторишь emerge.

А по теме - вручную через ebuild. Геморно, но для одиночных случаев сойдет.

man emerge

--fail-clean [ y | n ]
       Clean up temporary files after a build failure. This is particularly useful if you have PORTAGE_TMPDIR on tmpfs. If this option is enabled,
       you probably also want to enable PORT_LOGDIR (see make.conf(5)) in order to save the build log.

man man

man emerge

man portage

Тут выше говорят, что оно всё равно очищаться будет.

И я не выключал.

Они говорят, что оно очищаться будет при повторном запуске emerge.
А при ошибках - не будет, как ты и просил.