Если поставить rpm-base дистрибутив Linux, а затем собрать и поставить ядро с kernel.org, то скажется ли это на стабильности системы и приложений в целом?
должно нормально работать. но неплохо сначала посмотреть патчи к ядру, идущие с дистрибутивом - вдруг какие хитрости под конкретный дистрибутив добавлены. а так - народ ставил, к примеру, оригинальное ядро 2.4 на TSL 1.5 (в оригинале идет с ядром 2.2) - и все нормально. Прикручивали iptables, samba 3.0 и т.д. Только надо еще и всякие библиотечки посмотреть на совместимость. Если в дистрибутиве что-то шибко древнее - под новым ядром может криво работать
Например в Suse 9.3 есть beagle, который зависит от inotify.
А так как inotify меняет API в каждой версии, то придется накладывать
именно тот оригинальный inotify-патч. И бинарные дрова перестанут работать кстати.