Про 3D не подскажу, а вот возможность управлять окнами и пр. характеристиками возможно при помощт программы wmctrl. Для этого нужно также, чтобы WM поддерживал спецификацию EHWM (так вроде называется) -- её уже многие поддерживают, в т.ч. и Fluxbox :)