Загрузка с USB-флешки

Имхо, или биос поддерживает загрузку с флешки и загружается или не поддерживает и не загружается никак...

Если его записать на дискету в 0-й сектор - загружается

Т.е. в 0-ой сектор файловой системы. ФС на дискете растянута на всю дискету. На флешке может быть такой же вариант (тогда тоже работает так же) либо таблица разделов и ФС на разделе. Тогда твой загрузочный сектор надо писать не в 0-ой сектор флешки (там MBR), а в 0-ой сектор ФС (он чуть дальше, его номер есть в таблице разделов). Тогда биос передаст управление на код из MBR, загруженный по адресу 0000:7c00, этот код скопирует себя в другое место, а в 0000:7c00 загрузит первый сектор с активного раздела — в нём должен быть твой загрузочный код, в котором теперь уже надо учесть, что ФС начинается не с начала носителя.

если на флешку и BIOS воспринимает как Removable device - загружается. Как заставить этот же код загружаться на тех BIOS, которые воспринимают флешку как USB HDD?

странно, должно быть наоборот. надо биос дизассемблировать и смотреть, чего ему надо.

Может воспользоваться grub2 или в его исходники посмотреть?