OpenCV

Прыщи или красные глаза?)

Не факт, что смогу ответить, но надо бы конкретики:

1. Само лицо уже на изображении выделено?

2. Характер точек и цель всего этого?

1. Лицо не выделено, но на вход подается портрет. 2. Цель выделять определенные точки (центр носа, сетчатки глаз, подбородок и т.д.) и вычислять расстояния между этими точками.

OpenCV позволяет распознавать лица посредством использования каскадов Хаара http://en.wikipedia.org/wiki/Haar-like_features Кури в эту сторону.

Для выделения точек на лице неплохо работает метод ASM (Active Shape Model). Он реализован, например, в stasm (http://www.milbo.users.sonic.net/stasm/)