Использование дополнительных библиотек в KDevelop

>хотя бы просто можно было бы собрать проект?

в Automake manager нажымаеш на цели правой кнопкой мыши :) нажымаеш парамерты. откроеца окно :) там есть вкладка <Библиотеки>, нажамаеш добавить. в твоем случае надо добавить -lxml2

можно ручками: http://developer.kde.org/documentation/other/makefile_am_howto.html

>искалась в конфигурационных скриптах?

читай доки по autoconf