vim пакетный менеджер

git ;)

В качестве «менеджера» можно использовать плагин pathogen, который позволяет не сваливать все плагины в кучу, а устанавливать каждый в отдельную директорию (bundles). А бандлами уже довольно просто управлять и без менеджера.

Хотя с некоторыми плагинами этот фокус не проходит, к сожалению. Но большинство остальных управляются с лёгкостью.

А git, очевидно, позволяет хранить историю изменений.

Именно, история изменений. И никакого функционала пакетного менеджера.