В git закоммитил возможность указания в настройках префикса параметра WINEARCH.
http://q4wine.brezblock.org.ua/documentation/en_us/10-prefix-settings.html
К сожалению под руками 64 битки нету. Ищутся желаюшие потестить сию фичу.
1. Создание префикса;
2. Его работу;
3. Создание\обновление fake drive;