И все-таки оно было и есть

Есть программа biff, которая использует флаг S_IXUSR на /dev/ttyx.
Смысл бита для biff - можно/нельзя писать этой программе на терминал.
То есть оно есть, но редко используется.
И похоже, что какого-то стандартного применения этот бит для специальных файлов не имеет.
Применение бита целиком зависит от приложения, которое будет использовать этот бит.