нет, галки поубираешь при создании проекта, единственное его автокомплит не очень с STL дружит

Если я создаю Empty Qt project, то какие именно галки?

Нет.

я создавал «консольное приложение qt4», там на третьем шаге спрашивают какие модули qt подключать

Ну можно также импортировать существующий Makefile-based проект, правда тогда конечно добавление/удаление файлов в проекте придется отслеживать вручную.

Если для своего не QT приложения будешь пользоваться qmake, то в проекте нужно будет выключить линковку дефолтных библиотек (прямым редактированием файла .pro)

QT -= gui QT -= core

http://qt.nokia.com/doc/4.2/qmake-variable-reference.html#qt

Кроме qmake, QtCreator умеет работать с make и cmake.

Сделайте cmake проект простенький с автодетектом сырцов

Вот пример pro файла для opengl приложения

SOURCES += main.c LIBS += -lglut CONFIG = console TEMPLATE = app QMAKE_CFLAGS = -std=c99

Забыл про форматирование

SOURCES += main.c
LIBS += -lglut
CONFIG = console
TEMPLATE = app
QMAKE_CFLAGS = -std=c99