Side-by-side GLIBC

да, собирал в контейнерах

Да, но это лишний треш и геморрой. Лучше собирай с musl тогда, в нём хотя бы статическая линковка поддерживается.

А вообще, для этого контейнеры и существуют.

Если не нужен общесистемный nsswitch, то проще собрать с musl.

Если нужен - то всё равно придётся собирать с системной glibc.