iso-файл не в конце делают, а в начале. А потом уже начинается тяжёлая работа по мейнтейнингу постоянно появляющихся новых версий всего того, что ты в свой дистрибутив захотел включить.
Здесь упоминал про загрузку с CD/DVD. Вкратце – загрузочные диски должны следовать спецификации расширения ISO9660 – El-Torito. Ну, и man isohybrid, если полученный ISO надо сделать пригодным для прямого побайтового копирования на флешку. Хотя сейчас, с UEFI, этого не требуется – ISO9660 поддерживатся в качестве одной из файловых систем, которая может нести содержимое ESP.