Однозначно можно.
С sendmail можно сделать .forward в котором написать |/path/to/prog
Вроде так, во фре даже был man forward
В qmail я тоже это делал.
Письмо скармливается на stdin программы, только надо следить за кодом выхода из проги, чтобы почтовик не пихал несколько раз одно и то же письмо :)