fatal: unordered stage entries in index

Находится же легко: https://stackoverflow.com/a/27481661/1535516

mv .git/index .git/index.bak
git add -A

И должно вернуться на место. Можно скопировать репозиторий и проверить там сначала. Или склонировать его и взять оттуда .git/index, думаю эффект будет тот же.

Это ещё не данные повреждены, но git fsck стоит запустить, чтобы их проверить.