Если в речь идет об иксах, то расширение XTEST и еще вариант XSendEvent, который, однако, не со всеми программами может заработать, но зато сообщения можно посылать конкретному окну (в понимании X11, а не оконного менеджера). Для того, чтобы понять, как оно реализуется, смотри в код xdotool.