Как сделать, чтобы кейбиндинг в Емакс работал только в основном окне(фрейме)?

Читай документацию по локальным кейбиндингам (local-set-key). К фрейму их привязать АФАИК нельзя, но можно к буфферу с помощью хуков соответсвующих мод.