Не парься. На моем опыте (RH6.2-80) скрипты поднимающие XFree были практически нечитаемыми - я пробывал ставить систему без KDE/GNOME - только XFree и потом добавлять IceWM. Разбираться следет начинать с login manager (у тебя скорее всего gdm или kde) читать man [k,g]dm на пердмет обнаружения их конфигов и запускающих скриптов (об этом в самом конце написано).
Что касается ./xinitrc - этот фалик, как я помню понимается только при запуске командой startx из runlevel 3