GTK: объясните разницу

AFAIU, threads_* - потокобезопасные варианты для GTK+ компонентов.

Маны согласны с анонимусом:
https://developer.gnome.org/gdk3/stable/gdk3-Threads.html#gdk-threads-add-idl...

Хотя по ссылке пример на Сях странноватый. Так защититься для виджета наверно можно, но для GObject'а (не Gtk) все равно нужно делать g_timeout_add_full + ref объекта + unref передавать в качестве DestroyNotify.
Более того, скорее всего питон так сам и делает.
Vala точно делает. Код на vala:

GLib.Timeout.add(100, keep_pressing_timer);

Разворачивается в код на C:

g_timeout_add_full (G_PRIORITY_DEFAULT, (guint) 100, _butt_keep_pressing_timer_gsource_func, g_object_ref (self), g_object_unref);

Тогда можно использовать GLib-функции. Вот я так это вижу.