Embeded Linux

Запускают самолётики.
Linux загружают. К тому же загружают не на процессор(микроконтроллер) а на платформу(процессор с обвязкой). А вот второе ты и не указал. 
Чтобы получить ответ посмотри сколько у этого микроконтроллера ОЗУ (64К макс) и есть ли EMIF, а его нет. Теперь спроси у сообщества минимальные требования по ОЗУ для LINUX. Потом помедитируй и подумай чего ещё принципиально в этом контроллере не хватает для счастья. И ты найдёш правильный ответ MMU. 

Отсюда вывод, смотри в сторону uLINUX.
Удачи ;)

Посмотри на http://www.atmel.ru можно ли для него использовать gcc. Есди да, то бери Debian Sarge, запускай tool chain и вперёд.

Конечно важно, что бы конфигурация железки соответсвовала требованиям Линукса ;)