Собственно сабж, например нажимаем в эклипсе отладку, переключаемся на другое окно - при срабатывании брекпоинта эклипс активируется. Аналогично в скайпе, когда приходит мессага.
Вообще, обе проблемы решаемые (скайп - открывать чаты свёрнутыми, эклипс вообще фича - уведомление о брекпоинтах :-), но всё же интересно, есть ли какое-то решение.
Focus stealing prevention в настройках, понятное дело, включен. Другие опции тоже не помогают.