У меня в кде тоже иногда апплет исчезает и через пару секунд появляется. Происходит это с неопределенным интервалом, но обычно не чаще чем раз в 5 минут. В логах ничего пока не нашел. Предполагаю что контроллер аккума дурит. Раньше, с другим контроллером, таких аномалий не было.