Из вопроса неясно, иконку какой программы нужно скрыть и какой именно Gnome2, обыкновенный или тот что в Ubuntu (там Indicator applet, вроде). В общем случае отображение иконки в области уведомлений обычно отключается в той программе, чью иконку ты хочешь скрыть (например, в Pidgin это есть в настройках).